Dans ce même deuxième quart du XIIIème s. est édifiée l'enceinte extérieure destinée à rendre la place, récemment annexée au domaine royal et promue sénéchaussée, totalement imprenable.

Deux ultimes campagnes de travaux marqueront encore le XIIIème et le début du XIVème s. à la suite du siège infructueux mené par Raymond Trencavel en 1240 d'une part, et après 1280 à l'initiative des rois Philippe III le Hardi puis Philippe IV le Bel d'autre part.

A la fin du XIII° s. la Cité avait pris son visage définitif de forteresse médiévale. Elle ne fut jamais attaquée pendant la Guerre de Cent Ans, même lors de la chevauchée du Prince Noir en 1355, et n'eut à subir que deux tentatives de coups de main par surprise de la part des Huguenots en 1575 et 1585, avec échec immédiat.

Devenue arsenal, entrepôt d'armes et de vivres sous l'Ancien Régime puis sous la Révolution, elle fut rayée de la liste des places de guerre entre 1804 et 1820, puis reclassée en seconde catégorie.

Très vite considérés comme carrière de pierres, ses murs et ses tours furent démantelés et ce magnifique ensemble ne dût son salut qu'à l'intervention de J.P. Cros Mayrevieille qui parvint le 31 Août 1850 à faire annuler le décret de la même année qui abandonnait la totalité des ouvrages à la pioche des démolisseurs. Prosper Mérimée, Inspecteur Général des Monuments Historiques, engagea alors des pourparlers avec le Ministère de la Guerre pour la sauvegarde des remparts et les premiers crédits furent alloués en 1852.

Viollet-le-Duc, chargé, dès 1846, d'établir un rapport, commença les travaux par la Porte Narbonnaise et la Porte de l'Aude. Il devait conserver la direction de l'ouvrage jusqu'à sa mort en 1879 ; à cette époque, l'enceinte intérieure était presque entièrement restaurée ainsi qu'un certain nombre de tours de l'enceinte extérieure.

A la fin du siècle, son successeur Boeswillwald dégagea les lices des habitations qui les occupaient et poursuivit les travaux de restauration des deux enceintes et du château comtal.